Paanajärven kansallispuisto on elimellinen osa nk. Kuusamon ylänköä, joka kattaa Karjalan tasavallan luoteiskulman ja Suomen itärajan tienoon toimien samalla vedenjakajana Vienanmereen ja Pohjanlahteen laskeville vesille. Paanajärveen laskee viisi jokea; Sovajoki, Mäntyjoki, Malinajoki, Astervajoki ja Selkäjoki. Jokiuomissa on maaston jyrkkyydestä johtuen monia koskia, jopa maalauksellisia vesiputouksia. Erityisen näyttäviä ovat Mäntyjoen ja Selkäjoen vesiputoukset.
Järven kalalajeista suurinta mielenkiintoa herättää taimen. Se lisääntyy lähes kaikissa Paanajärveen laskevissa joissa ja käyttää syönnnösalueenaan myös Pääjärveä.