Kuusamo tuli kirkon piiriin, kun Turun piispa 1673 perusti Kemin Lapin seurakunnan. Sen ensimmäiseksi kirkkoherraksi tuli Gabriel Tuderus, tuo ”Herran pappi, jota vihasi sekä lanta että Lappi”. Laajaan seurakuntaa luettiin koko itäinen Lappi Inariin saakka. Kun Kuusamo määrättiin seurakunnan keskuspaikaksi, siitä ryhdyttiin 1690-luvulla käyttämään nimitystä ”Kuusamon seurakunta”.
Kuusamoon saatiin 1687 pieni saarnatupa. Seuraavalla vuosikymmmenellä nykyisen kirkon paikalle valmistui ensimmäinen varsinainen kirkko, pituudeltaan ja leveydeltään 17 metrin hirsinen ristikirkko. Sen viereen kohosi kellotapuli, johon nostettiin kuningas Kaarle XI:n lahjoittama kello. Vähitellen vakiintui myös seurakunnan henkilökunta, johon kirkkoherran ohella tuli kuulumaan virrenveisuusta vastaava lukkari, jonka tehtäviin yritettiin 1720-luvulta saada luku- ja kirjoitustaidon opettaminen. Seurakuntalaisten luottamusmiehenä toimi kirkkoväärti, jonka päätehtävä oli seurakunnan rakennuksista huolehtiminen.
Kuusamon seurakunta oli 1700-luvulla erittäin laaja. Pohjoisessa se ulottui Norjan rajalle saakka käsittäen koko Kuusamon ja Inarin välissä olevan itäisen Lapin. Kuusamon kirkkoherralla oli tapana tehdä talviaikaan kokonaisen kuukauden kestäneen matkan, jonka aikana hän viipyi virantoimituksessa Inarin ohella Sodankylässä ja Kuolajärvellä. Tosin Kemijärvellä ja Sodankylässä oli vakituisesti asuvat kappalaiset, jotka olivat yhteydessä lähiseutujensa seurakuntalaisiin.
Väestön lisääntyessä ensimmäinen kirkko kävi ahtaaksi. Sen tilalle rakennettiin 1800-luvun alussa valmistunut niin sanotun puubarokin tyylisuuntaa edustava kupolikattoinen kirkko.
Valtionhallintoa Kuusamossa tuli edustamaan nimismies, joskin sekä ylemmät valtion viranomaiset että alamaiset pitivät hänen valtuuksiaan 1600-luvulla kyseenalaisina. Sigfrid Granroth, joka 1703 tietämissä nimitettiin virkaan, sai asuttavakseen verovapaan nimismiehen virkatilan Poussun kylän Kantoniemellä, vakiinnutti nimismiehen toimivallan ja auktoriteetin.
Käräjillä nimismies ratkaisi riita- ja rikosasioiden ohella Kuusamon kehityksen kannalta tärkeimmät asiat, lainhuudot talonpoikien uudistiloihin ja viljelysmaihin. Perustetut uudistilat ja tiloille raivatut viljelysmaat merkittiin pitäjän seitsemän kyläkuntaa käsittävään luetteloon Siihen kirjattiin viljelysmaiden laajuutta osoittava kunkin tilan manttaaliluku. Tämä tärkeä asiakirja vahvisti omistusoikeuden maahan ja sen perusteella tilan omistaja maksoi veronsa. Tilojen viljelysmaat sijaitsivat aluksi asuinpaikan lähellä, mutta viljelyskelpoisen maan vähetessä uusia viljelyksiä jouduttiin tekemään pitkienkin matkojen päähän, mikä vaikeutti niiden käyttöä. Tämä ongelma ratkaistiin isojaossa useimmissa Suomen pitäjissä. Kuusamolaiset puolestaan tekivät Ruotsin valtion kanssa niin sanotun ruotuväkisopimuksen. Se antoi heille vapautuksen isojaon toimeenpanemisesta minkä vastineena kuusamolaiset sitoutuivat ylläpitämään pientä ruotuväkiarmeijaa Venäjän rajalla. Sopimuksella oli kauaskantoiset seuraukset, sillä isojako viivästyi pitkään. Isojako suoritettiin Kuusamossa vasta 1960-luvulla.
Kantokylässä pidetyille käräjille kokoontui runsaasti väkeä. Niiden aikana järjestettiin markkinat, jonne tuli myyjiä ja ostajia koko pohjoiselta maanääreltä Norjaa, Ruotsia ja Venäjää myöten. Kantokylä olikin 1800-luvun loppupuolelle saakka Kuusamon kylistä vilkkain.
Kun Oulun lääni perustettiin1775 liitettiin Kuusamo siihen läänin pohjoisimpana kuntana. Samalla lakkasi olemasta Kuusamon vanha yhteys Länsipohjan lääniin, jonka keskuspaikkana oli Ruotsin Härnosand
Venäjä oli keskiajalta alkaen samanaikaisesti Ruotsin kanssa verottanut Maanselän ja Kitkan lappalaisia. Yhteisverotus jatkui vielä suomalaisen uudisastuksen Kuusamoon tulon jälkeen. Venäjänveron keräämisestä vastaava virkamies danzika saapui Kuusamoon kerran vuodessa. Vastineeksi veronmaksusta kuusamolaiset saivat oikeuksia kaupankäyntiin ja muihin ansiotoimiin Venäjän puolella. Mainittakoon tässä myös se, että Kuusamossa vallitsi rajarauha silloinkin kun Ruotsi ja Venäjä sotivat keskenään muissa osissa maata. Venäjää Kuusamossa edusti täällä pysyvästi asuva kylänvanhin staarosta. Yhteisverotus päättyi 1809, kun Suomi liitettiin Venäjään.
