Virkkulan korkein piste on Virkkulanvaara, joka on noin 340 metriä merenpinnan yläpuolella. Alimpana on Porontimajärvi, joka on 311 metriä merenpinnan yläpuolella. Kylä sijaitsee keskimääräistä korkeammalle verrattuna muihin Kuusamon kyliin. Alue kuuluu Koutajoen vesistöalueeseen, jonka alueella vedet virtaavat itään.
Kylän läpi kulkee maantie numero 8694 5-tietä Jyrkkäkoskelle. Alueen metsävarat ovat havupuuvoittoisia kuusen ollessa yleisin puulaji. Varsinaiset suot voidaan luokitella korviksi.
Alueen vesistöjärjestelmän ytimenä voidaan pitää Porontimajärveä, jonka syvin kohta on 37 metriä. Järveen laskevien ojien lisäksi on neljä mainittavaa puroa: Konttaiselta, Takkulammesta, Sarvilammista ja Pikkuporontimasta. Porontiman kanjonin kautta laskee vesi Suorajärveen, sieltä Kuusinkinjoen ja Oulangan kautta Paanajärveen.
Alueen suojelukohteeksi voidaan laskea kylän läheisyydessä oleva Ruka-Valtavaara luonnonhoitometsä. Vaellusreitti Karhunkierros kulkee kylän alueen läpi.